是务对象不同。股份转让系统的定位主要是为创新型、创业型、成长型中微企业发展务。
这类企业普遍规模较，尚未形成稳定的盈利模式。在准入条件上，不设财务门槛，申请挂牌的司可以尚未盈利，只要股权结构晰、经营合规范、司治理健全、业务明确并履行信息披露义务的股份司均可以经主办券商推荐申请在股份转让系统挂牌；二是投资者群体不同。国交易所市场的投资者结构以中投资者为主，而股份转让系统实行了较为严格的投资者适当性度，未来的发展方向将是个以机构投资者为主的市场，这类投资者普遍具有较强的风险识别与承受能力；是股份转让系统是中微企业与产业资本的务媒介，主要是为企业发展、资本投入与退出务，不是以交易为主要目的。
1、上市要求不同：新板挂牌的企业是中型科技司，挂牌上市要求低，上市分层级管理，有基础层、创新层和精选层。而在主板上市有注册和审核两种度，审核条件严格，必须要达到相应的条件才能在主板上市。
2、交易群体不同：由于新板门槛高，所以大数是机构在交易；而在主板市场上，有机构、游资、散户、外资都能交易。3、交易权限不同：主板的股没有资金要求、科创板和创业板需要分别满足20个交易日日均资产50万、10万的资金要求以及两年的交易经验；而新板分为基础层、创新层：开通权限前10个交易日需要分别满足日均资产：200万、100万的资金要求，以及2年的交易经验。新板精选层的股已经改革到北交所上市，开通门槛为20个交易日，日均资产50万和2年的交易经验。4、交易度不同：新板可以采用协议成交、市商度；而主板采用的是竞价交易。
算挂牌（新板、股交）面向的是注册的机构投资者，上市面向的是全社会。挂牌目前采取协议成交+市成交，上市是实时竞价成交。